抗體由兩條重鏈和兩條輕鏈通過二硫鍵連接而成。其抗原結(jié)合區(qū)高度可變，可以使得抗體能從約100億個目標中識別出一個特定目標，這主要基于重組事件。在這些變異區(qū)域之外，抗體的序列通常較為穩(wěn)定。20世紀60年代的研究利用木瓜蛋白酶等酶揭示了抗體的結(jié)構(gòu)。木瓜蛋白酶是一種硫醇內(nèi)肽酶，可以切割鉸鏈區(qū)的肽鍵，生成三個片段：其中兩個片段因其結(jié)合抗原的功能被稱為Fab，而剩下的一個因易于在冷藏中結(jié)晶而被稱為Fc，F(xiàn)c段決定抗體的效應功能，主要與細胞表面的Fc受體結(jié)合發(fā)揮作用。

在流式細胞術(shù)中，標記樣品細胞的熒光素偶聯(lián)抗體通常是單克隆抗體，也有少數(shù)使用多克隆抗體。這些抗體的基本結(jié)構(gòu)包括Fab段和Fc段�？贵w的特異性由Fab段決定，標記時Fab段的抗原結(jié)合位點與細胞上的抗原分子特異性結(jié)合，從而標記并相對量化細胞上的抗原表達。然而，有些細胞（如巨噬細胞、樹突狀細胞和B淋巴細胞）表面表達Fc受體（FcR），這些FcR可以與熒光素偶聯(lián)抗體的Fc段結(jié)合。Fc段與FcR的結(jié)合較為非特異性，通常與抗體的種屬和類別有關(guān)，同種屬、同類抗體的Fc段通常相同，因此這類FcR可以與所有該類抗體的Fc段非特異性結(jié)合。

在流式細胞術(shù)實驗中，抗原抗體的特異性結(jié)合與非特異性結(jié)合本質(zhì)上存在差異，但它們的結(jié)果可能會呈現(xiàn)出相似的表現(xiàn)，這可能導致假陽性結(jié)果，從而影響實驗的準確性。為避免這種情況，建議在進行熒光標記抗體染色之，先用IgG抗體對樣品細胞進行封閉，以阻止Fc受體的非特異性結(jié)合。

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